Jonja wurde in Ho-Chi-Minh-Stadt, Vietnam, geboren und wuchs in Berlin auf, wo er im Alter von 4 Jahren klassischen Klavierunterricht bei Chie Muto-Kumai erhielt und später bei Gesine Tiefuhr-Disselhorst studierte. Schon in der Mittelstufe begann Jonja, das Oberstufenorchester zu dirigieren und zu leiten. Während seiner gesamten Schullaufbahn dirigierte, arrangierte und leitete er verschiedene Musiktheaterproduktionen und spielte Klavier, Keyboard, Schlagzeug und Percussion. Er schloss 2017 das International Baccalaureate Bilingual Diploma ab und ist Träger des ECIS Award for International Understanding.

Jonja hat einen BA in Jazz-Klavier und Theater & Performance vom Bard College. Im Rahmen des Jazz-Programms erhielt er Unterricht von Larry Ham und John Esposito sowie Dirigierunterricht von James Bagwell (The Orchestra Now, The American Symphony Orchestra). Jonja absolvierte einen Master of Fine Arts (MFA) an der NYU Tisch School of the Arts im Rahmen des Graduate Musical Theater Writing Program. 2020 und 2023 war Jonja bei den Produktionen des jährlichen Benefizkonzerts Broadway Backwards von Broadway Cares/Equity Fights AIDS als Musikassistent tätig, unter der Leitung von Music Supervisor Mary-Mitchell Campbell (Mean Girls, The Prom, Tuck Everlasting) und Music Director Ted Arthur (Diana: A New Musical, The Prom).

Shows: Show & Tell, Something Rotten, Dogfight, The Gauntlet, Songs For A New World, The Last Five Years unter anderem. Sein eigenkomponiertes Musical An Artist, Now (Musik von Jonja Merck, Text von Laila Perlman) wurde im Februar 2022 im Fisher Center in Bard aufgeführt. Jonja ist stolzes Mitglied von MUSE (Musicians United for Social Equity) und war kürzlich Student im MUSE One-On-One-Mentoren Programm (2021 Mentorin Andrea Grody - The Band's Visit, Tootsie, Suffs und 2022 Mentorin Elizabeth Doran - Water For Elephants, SIX, Mean Girls). Außerdem ist er Mitglied der Dramatist Guild of America.